Dla mnie to zdjęcie jest średnio czytelne, brakuje jakiegoś punktu odniesienia więc ciężko zorientować się jakiej wielkości są to ubytki. Wydaje mi się, że mogą być dwie przyczyny ich powstawania.
1) teoria: Używasz kamienia o zbyt wysokiej gradacji na nieprzygotowanej do tego krawędzi tnącej. Kamień 1000/3000 to narzędzie do tak zwanego właściwego ostrzenia (1000), i polerowania (3000). Jeśli w ostrzu są jakieś ubytki to potrzebujesz narzędzia do wstępnego ostrzenia. Często popełnianym błędem jest używanie kamieni o zbyt wysokiej gradacji do naprawy krawędzi tnącej. Polecam papiery wodne 100-600, naklejone na szkło lub płytę kamienną jako tanie narzędzie do przygotowania krawędzi tnącej pod kamień 1000/3000
2) teoria: Coś jednak robisz źle podczas ostrzenia. Prawdopodobnie doprowadzasz do powstania zbyt dużego drutu który odrywając się kruszy krawędź tnącą. Drut jest znakiem, że faza którą nadajesz nożowi osiągnęła już jego krawędź i dalsze ostrzenie daną gradacja niema już sensu. Wyjątkiem jest sytuacja gdy usuwasz jakieś duże ubytki. Nawet jeśli usuwasz duże ukruszenia krawędzi tnącej to drut należy jak najwcześniej zauważyć i usunąć (najlepiej kamieniem o wyższej gradacji), a podczas dalszego zbierania materiału systematycznie powtarzać tą czynność. Jeśli masz trochę wprawy wyczujesz już minimalny drut, wtedy tak jak napisał Krzysiek będziesz mógł go usunąć przy pomocy skóry, która naklejona na deskę jest też świetnym narzędziem do końcowego polerowania, po tym zabiegu nóż powinien golić i nie jest to metafora.
Potrzeba trochę czasu by to opanować. Pozdrawiam i życzę powodzenia

P.S. To co napisałem tyczy się ostrza o jednej fazie, jeśli chodzi o ostrza o dwóch fazach takie jak noże kuchenne , to zebranie drutu odbywa się po prostu przez zmianę ostrzonej fazy.
Na początek polecałbym jednak prowadnik. Będzie Ci łatwiej zapanować nad całym procesem i jego powtarzalnością